Z pohledu přírodní medicíny pracujeme s tím, že základem alergií jsou problémy ve střevech, a také v játrech.

Střevní výstelku tvoří miliarda buněk epitelu, který vytváří bariéru mezi vnějším prostředím a vnitřkem střeva. Střeva jsou domovem triliónů bakterií, které hrají důležitou roli nejenom při štěpení živin, ale hlavně ovlivňují efektivnost našeho imunitního systému.

Jemnou výstelku střev lze velmi jednoduše poškodit. Nejčastějšími viníky bývají alkohol, analgetika, antibiotika  a jiné léky. Zároveň konzumujeme příliš mnoho, cukru, lepku a mléka. Tyto všechny složky potravy mají velmi silný alergenní potenciál.

Výsledkem je, že některé bílkoviny z naší stravy, které se normálně štěpí na základní částice – aminokyseliny, jsou schopny přecházet poškozenou střevní stěnou přímo do krevního řečiště. Tam je imunitní systém identifikuje jako cizorodou látku a napadne je.

Takto vznikají potravinové alergie, ale celá řada jiných typů alergií jako třeba na zvířecí srst pyly či trávy.

Zvláštní oblastí jsou vrozené typy silných potravinových alergií např. na ořechy. Ty aktivují imunoglobuliny IgE, a tato reakce může mít fatální následky.